Die heutige Burg steht auf den Resten des Kastells Arbor Felix, das von den Römern auf uraltem Siedlungsgrund errichtet wurde. Die Bewohner nutzten das Kastell bis ins Mittelalter als Schutz vor Überfällen und Kriegen und bauten die Befestigung der Stadt immer weiter aus. Dies bewog den Bischof von Konstanz, das Verwaltungszentrum des Arbongaus hierher zu verlegen. Um 1200 errichteten die Herren von Arbon, Ministeriale des Bistums Konstanz, an der Stelle des Kastells eine Burg, die ihnen als Verwaltungssitz diente. In der Mitte des 13.Jh. gelangte die Festung in den Besitz der Edlen von Kemnat, unter denen der Ort das Stadtrecht erhielt. 1274 wurde Rudolf von Habsburg-Laufenburg, ein Vetter des deutschen Königs Rudolf von Habsburg, durch das Konstanzer Kapitel zum Bischof gewählt. 1282 erwarb Rudolf die Herrschaft für 2500 Mark Silber von den Gebrüdern Volkmar und Marquart von Kemnat. Damit befand sich 1285 der gesamte Besitz wieder in den Hände des Bistums Konstanz. 1382 geriet das Bistum in finanzielle Schwierigkeiten und musste die Herrschaft an die Paygrer von Hagenwil verpfänden. 1420 schlossen die Bürger von Arbon mit der Stadt Konstanz ein Schirm- und Burgrechtsvertrag ab, worauf es zu einem heftigen Streit zwischen ihnen und den Paygrern von Hagenwil kam. Als bekannt wurde, dass Graf Friedrich von Toggenburg die Bürger von Arbon mit Waffengewalt unter die Herrschaft der Hagenwiler zurück bringen wollte, eilten die Konstanzer ihnen zu Hilfe. Nach Verhandlungen in Ravensburg und Romanshorn mussten die Arboner vom konstanzer Burgrecht absehen. Nachdem Bischof Otto I von Konstanz das Pfand wieder einlösen konnte, gab er es an die Familie Mötteli von Ravensburg weiter. 1441 erhielt das Bistum Konstanz die Herrschaft zurück. 1460 eroberten die Eidgenossen den Thurgau und übernahmen die Landeshoheit über Arbon. Während des Schwabenkrieges 1499 besetzen die Eidgenossen die Burg Arbon. Zwischen 1515 und 1520 liess Bischof Hugo von Hohenlandenberg die mittelalterliche Burg, bis auf den Turm, abbrechen und erbaute die heute noch bestehende Schlossanlage.

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