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Die Burg wurde vermutlich im 10.Jh. erbaut. Rudolf III König von Burgund, unterzeichnete 1014 auf der Feste eine Urkunde. Nach dem Ende des Burgunderreichs wurde die Burg reichsfrei und diente mehreren Familien als Wohnsitz. Eine dieser Familien nannte sich nach der Burg, die Grafen von Laupen.
Diese vermochten sich anfangs gegen die Herzöge von Zähringen, Berchtold IV und Berchtold V, zu behaupten. Dies änderte sich jedoch nach der Niederlage des burgundischen Adels gegen die zähringer Herzöge. Die Grafen von Laupen mussten den Herzögen die Burg überlassen.
Unter den Herzögen von Zähringen nahm die Burg etwa die heutige Gestalt an.
Nach dem Aussterben der Zähringer (1218) brachen heftige Kämpfe um Laupen aus. 1253 bemächtigte sich Hartmann von Kyburg der Feste, 1263 Rudolf von Habsburg und 1267 Peter von Savoyen. Nach weiteren Besitzerwechseln wurde die Burg 1275 reichsfrei. 1309 ging die Burg als Reichpfand an Otto von Grandson.
Bern erwarb die Burg und Herrschaft Laupen 1324 und richtete einen Landvogteisitz ein. Die Burg war für Bern ein wichtiger militärischer Stützpunkt und wurde dementsprechend unterhalten. Am 10. Juni wird die Burg durch ein 12`000 Mann starkes Heer belagert. Die 600 Mann Besatzung der Burg, unter der Führung Johannes von Bubenberg, vermochten dem Adelsheer von Kaiser Ludwig dem Bayern und dem Basler Bischof zu trotzen. Am 21. Juni trifft das ca. 6000 Mann starke Entsatzheer der Waldstätte unter der Führung Ritter Rudolf von Erlach in Laupen ein. Darauf entbrannte die Schlacht von Laupen, die mit dem Sieg der Berner und Waldstätte über das Adelsheer und die Freiburger endete.
Die kriegerischen Auseinandersetzungen des 15.Jh. überstand die Stadt ohne grosse Probleme. Die Burg wurde bis 1798 als Landvogteisitz der Berner genutzt. Die Burg wird heute als Bezirksverwaltung verwendet.