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Wimmis wird 994 erstmals in einer Urkunde von Kaiser Otto III erwähnt, als dieser den Königshof (vermutlich an der Stelle der heutigen Burg gelegen) an das Kloster Selz im Elsass verschenkte. Während des 11.Jh. vermochten sich die Herren von Strättlingen in Wimmis festzusetzen. Im 12.Jh. erbauten Sie den heute noch sichtbaren Turm.
Um 1250 gelangte die Anlage in den Besitz der Herren von Weissenburg unter dessen Herrschaft mehrere ausbauten statt fanden. Ferner liessen sie eine Talsperre errichten und gründeten eine kleine Stadt. Wimmis war somit gut für kriegerische Auseinandersetzungen gerüstet. Die Weissenburger schreckten zur Durchsetzung ihrer Ziele vor Waffengewalt nicht zurück. Die Festung war deshalb oft im Brennpunkt von Konflikten. Die Burg wurde zweimal erfolglos Belagert, 1288 durch Bern und zehn Jahre später durch Habsburg. Danach versuchten wiederum die Berner in mehreren Feldzügen Wimmis zu besetzen bis sie 1337 endlich Erfolg hatten.
Die Weissenburger mussten in das Stadtrecht von Bern eintreten und ihnen die Burg offen halten. Nach dem Aussterben des Geschlechts gab es mehrere Besitzerwechsel bis 1449 die ganze Herrschaft durch Kauf an Bern ging. Danach als Landvogteisitz und Amtshaus genutzt.