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1330 durch die Herren von Thierstein erbaut. Nach dessen Aussterben gelangte die Burg an die Herren von Falkenstein über. Hans und Thomas von Falkenstein schliessen sich 1440 dem Hause Habsburg Österreich an und beteiligen sich auf dessen Seite, aktiv am alten Zürichkrieg. Während die Eidgenossen die Stadt Zürich belagerten (1444), überfallen die Falkensteiner die Stadt Brugg und setzten diese in Brand.
Danach zogen sie sich auf die Farnsburg zurück, wohin ihnen ein eidgenössisches Heer von knapp 1500 Mann folgte und die Burg belagerten. Der Aufbruch des Belagerungsheer Richtung Basel und die darauf folgende Schlacht bei St.Jakobs an der Birs (26.08.1444), in der das Eidgenössische Heer vollständig vernichtet wurde, rettete den Verteidigern der Farnsburg das Leben. Der im Anschluss, an die Schlacht von St.Jakobs an der Birs, von Basel geführte Krieg gegen die österreichisch gesinnten Adelsfamilien, führte zum politischen und wirtschaftlichen Zusammenbruch des Hauses Falkenstein. 1461 erwirbt die Stadt Basel die Burg und baut sie weiter aus. 1798 wird die Burg verlassen und von Landleuten in Brand gesteckt. Die Burg wurde als Steinbruch genutzt und zerfiel rasch.