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Vermutlich durch die Ministeriale der Grafen von Homberg im 13.Jh. errichtet. 1296 nannten sich die Herren von Eptingen-Madeln zeitweise auch "von Wartenberg". Wahrscheinlich bewohnten sie die hintere Burg Wartenberg, welche sie zu Lehen hatten.
1306 wurde die Burg an das Haus Habsburg-Laufenburg verkauft. Nach dem Besitzerwechsel blieben die Eptinger vorerst auf Wartenberg. Bereits 1379 jedoch wird Petermann Sevogel mit der hinteren Burg belehnt, welcher bis ins 15.Jh. auf der Burg blieb. Die Burg gelangte samt aller Güter und Rechte über Veronika Sevogel an ihren Gemahl, den Luzerner Schultheiss Jakob von Hertenstein. Jakob von Hertenstein überliess die Burg der St. Georgenkirche in Rümlingen, welche sie an die Stadt Basel veräusserte.