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Mit Lufridus von Pleujouse wird das Geschlecht 1105 urkundlich erstmals erwähnt. In der 1136 erstellten Gründungsurkunde der Abtei Lucelle werden das Ehepaar Huzo und Petronilla von Pleujous sowie die Namen der drei Söhne und deren Onkel Warnerus genannt. Die Burg wurde vermutlich im 12./13.Jh. gegründet. Im 14.Jh. gelangte die Feste aus nicht ersichtlichen Gründen in die Hände des Bischofs von Basel. Um 1340 befand sich die Burg als bischöfliches Lehen im Besitze Rudolfs von Ramstein, 1380 wird Hans-Ulrich von Asuel als Lehensträger genannt. Nachdem Hans-Ulrich von Asuel 1386 in der Schlacht von Sempach sein Leben verloren hatte, kam Pleujouse an die Ritter von Nant. Von Johann von Nant ging der Besitz an andere Persönlichkeiten und schliesslich an Graf Diebold von Neufchâtel über. Diese burgundische Familie versuchte, durch den Kauf verschiedener Burgen im Gebiet des basler Bischofs, ihren Machtbereich über den Juranordfuss hinaus zu erweitern. Diese Einengung seiner landesherrlichen Rechte konnte der Bischof von Basel nur aufhalten, wenn er die Pfandschaft wieder einlöste. Es gelang ihm, zusammen mit der Stadt Basel, die nötige Summe von 10`000 Gulden zu beschaffen. Graf Diebold von Neufchâtel wollte die Pfänder jedoch nicht zurückgeben. Es kam zu einem Kriegszug, den der Bischof mit Hilfe der Stadt Basel zu seinen Gunsten entschied. Anschliessend kam die Pfandschaft für 10`000 Gulden an Graf Johann von Freiburg. 1428 erhielt die mächtige Familie von Mörsberg, deren Stammburg im Sundgau nahe des Klosters Lützel lag, die Burg Pleujouse als Pfand. Während des Armagnakenkrieges standen die Mörsberger auf Seiten der Österreicher und wurden zu erbitterten Feinden der Stadt Basel. Die mit Basel verbündeten Eidgenossen eroberten die Burgen Mörsberg und Pleujouse. Pleujouse wurde in Brand gesetzt, später jedoch wieder aufgebaut und blieb bis 1582 im Besitz der Familie Mörsberg. Danach ging die Burg an die Grafen von Ortenburg über. Während des dreissigjährigen Krieges wurde die Feste durch die Truppen des Herzogs Bernhard von Weimar besetzt. 1637 nahm Kavalleriegeneral Baron Christoph Martin von Degenfelden mit seinem Stab auf der Burg Wohnsitz. Der Graf von Ortenburg blieb während der Besatzung im Schloss und versuchte, die ungebetenen Gäste so gut wie möglich bei Laune zu halten. Nach dem Abzug der Truppen war die Burg in einem sehr schlechten Zustand und es dauerte einige Jahre, bis alle Gebäude wieder instand gesetzt waren. Nach dem Tod der Ortenburger Witwe 1660 blieben Burg und Ländereien im Besitz des Bischofs von Basel, und der fürstliche Jagtmeister nahm Wohnsitz darin. Die Festungsanlagen überliess man dem Verfall. Ende des 18.Jh., Anfang des 19.Jh. wurde eine Gaststätte eingerichtet. Während des Ersten Weltkrieges waren Truppen auf Pleujouse stationiert, diese hinterliessen die Burg in einem schlechten Zustand, weil sie das gesamte Holzwerk als Brennmaterial benutzten. 1924 erwarb eine jurassische Gesellschaft von Geschichtsfreunden das Anwesen und versuchte, die Anlage vor weiterem Verfall zu bewahren. 1980 wurde die Burg durch ein Feuer zerstört.
Sichtbar sind die Ruinen des runden Donjons und der Ringmauer (13.Jh.), die Toranlage und Reste des Palas (Gebäude aus dem 17.Jh.).