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Die heute sichtbaren Reste der Burg wurden im 13.Jh. erbaut, an der stelle eines älteren Vorgängerbaus (11./12.Jh. ?). Wer die Erbauer waren, darüber schweigen sich die Quellen aus. Die Burg des 13.Jh. wurde vermutlich durch die Herren von Schauenburg errichtet welche um 1250 erstmals urkundlich bezeugt sind. Heinrich von Schauenburg gehörte zu den Gefolgsleuten der Grafen von Frohburg, welche ihm Füllinsdorf zu Lehen gaben. 1275 unterzeichnete Gertrud, Heinrichs Witwe, eine Urkunde auf der Burg.
1356 werden Neu-Schauenburg und Alt-Schauenburg beim grossen Erdbeben von Basel zerstört. Die jüngere Anlage, Alt-Schauenburg, bleibt Ruine, die ältere Anlage, Neu-Schauenburg, wird wieder aufgebaut, woraus sich die irreführenden bezeichnungen Alt- und Neu-Schauenburg herleiten. Ende des 14.Jh. sterben die Herren von Schauenburg aus und ihr Besitz geht an das Basler Rittergeschlecht der Viztum über, in dessen Händen er 1397 bezeugt ist. Von den Viztum kam die Burg 1400 an die Truchsessen von Rheinfelden, welche die Herrschaft 1418 an den reichen Basler Bürger Konrad Sintz verkauften. Fehlspekulationen und zu hohen Standesausgaben führten zum Ruin Konrad`s, was ihn zu Betrügereien verleiten liess. Nach einer langen Haftstrafe verbrachte er den Rest seines Lebens in armen Verhältnissen. 1428 erwirbt Henmann Offenburg die Festung Schauenburg aus der Konkursmasse. Nach den Offenburg kamen die Beginen, 1502, in den Besitz der Anlage. Sie zogen in das nahegelegene Bruderhaus, im 15.Jh. an stelle des späteren Hofes errichtet, und überliessen die Burg dem Zerfall. Im 19.Jh. wurde ein Gartenpavillon auf der höchsten stelle des Burgareals errichtet. Heute gehört die Ruine einem Verein und ist nicht zugänglich.