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1170 wird in der Gründungsurkunde des Klosters Frienisberg eine Familie, die sich nach Soyhières nennt, erwähnt. Die Burg wurde um 1200 errichtet, vermutlich durch die Grafen von Pfirt. Wer im 13.Jh. auf der Feste wohnte, ist nicht bekannt. Als sicher gilt aber, dass sich die Burg 1271 im Besitz der Herren von Pfirt befand, da die ganze Herrschaft Pfirt und Soyhières 1271 als Lehen an den Bischof von Basel gelangte. Nach dem Aussterben der Grafen von Pfirt 1324 ging das Erbe an das Haus Habsburg-Österreich, jedoch ohne die Herrschaft Soyhières. Dem Bischof gelang es, Soyhières in seiner Hand zu behalten. Bischof Johann von Châlons entzog die Herrschaft dem Einfluss der Österreicher, indem er sie 1334 an den Prior des St. Albanklosters in Basel verkaufte. 1356 wurde die Burg wie so manch andere Festung in der Umgebung Basels durch das grosse Erdbeben beschädigt. Richard Stocker erwarb die Burg mit der Auflage, sie zu reparieren und dem Bischof offen zu halten. Im 14.Jh. gelangte die Burg an Hans Ulrich von Delle, der sie 1388 an Diebold von Neuenburg-Burgund verkaufte. Die Herren von Blamont erhielten die Burg zu Lehen. Anfang des 15.Jh. wurde das Lehen aufgeteilt, einen Drittel bekam Heinrich von Boncourt, der Rest blieb bei den Herren von Blamont, die ihren Teil des Lehens an die Herren von Tavannes verkauften. 1499, während des Schwabenkrieges, wurde die Festung von österreichischen Truppen geplündert und zerstört. 1793 erwarb die Familie Quiquerez die Ruine, in der Auguste Quiquerez ein Museum einrichtete. Heute befindet sich die Ruine in Privatbesitz.