Die erste Burg dürfte wohl um 1100 entstanden sein, als Erd-Holzanlage mit einer Ringmauer aus Stein und war die Stammburg der Ritter von Hünenberg, welche 1173 urkundlich zum ersten Mal aufgeführt wurden (es ist jedoch nicht sicher, ob sich die erwähnte Urkunde auf das zuger Geschlecht oder die Angehörigen aus dem Hegau bezieht). Im 12.Jh. wurde sie durch ein Feuer zerstört und danach wieder aufgebaut. Walter von Hünenberg, als Vertreter des zuger Geschlechts, wurde 1239 und 1240 erwähnt. Der Familie gehörten ausser der Festung Hünenberg auch noch die Burgen in Cham, St.Andreas in Baar und die Burg Zug. Die Hünenberg waren mit allen führenden Geschlechtern der Region verschwägert und erwarben mehrere Bürgerrechte, unter anderem das von Zürich, Zug, Luzern und Bern. Ihr Ansehen stieg vor allem während der Freiheitskämpfe der Eidgenossen enorm an. Die einen Mitglieder der Familien kämpften auf Seiten von Habsburg-Österreich, während die anderen mit den Eidgenossen sympathisierten. In der Schlacht von Sempach 1386 kämpften sie auf Seiten der Österreicher, die siegreichen Eidgenossen sollen deshalb die Burg Hünenberg zerstört haben. Nachdem die Eidgenossen die Macht der Habsburger zerschlagen hatten, verloren auch die Hünenberger immer mehr an Einfluss. Sie mussten ihren Besitz nach und nach veräussern. Ritter Rudolf von Hünenberg verkaufte seinen Besitz in Cham 1409 an das Fraumünster in Zürich und 1416 die Herrschaft Hünenberg an die Brüder Bütler. Die Burg wurde noch bis ins 15.Jh. bewohnt. Eine wohl eher unglaubwürdige Sage über Heinrich von Hünenberg, 1315, berichtet folgendes Geschehen: Am Tage vor der Schlacht bei Morgarten, 1315, soll er einen Pfeil ins Lager der Schwyzer geschossen haben, auf dem folgende Nachricht stand: "Hütet euch am Morgarten".
Sichtbar sind die Grundmauern aller drei Bauphasen der Ringmauern. Die erste wurde um 1100 erbaut, war oval und umfasste den Burghügel in seiner ganzen Länge. Die zweite war rechteckig und die dritte umschloss nur noch einen Teil des Hügels. Ausserdem sind noch Reste von verschiedenen Gebäuden und des Turmes erhalten.